Plataforma de Genómica, Proteómica y Genotipado de la Universidad de Málaga

La investigación en el campo de las Ciencias de la Vida ha experimentado una transformación radical en los últimos 20 años, pasando de los estudios iniciales sobre identificación y aislamiento de genes individuales, determinación de la función de proteínas y función celular al estudio de procesos globales del funcionamiento de la célula gracias al desarrollo de nuevas tecnologías en el campo de la Genómica y Proteómica.

¿Cómo surgió la Plataforma de Genómica, Proteómica y Genotipado de la Universidad de Málaga?

La Plataforma de Genómica, Proteómica y Genotipado de la UMA surge con financiación aportada por el Ministerio de Ciencia e Innovación (Programa de Infraestructura Científica, 2008-2011) y por el Campus de Excelencia Andalucía Tech. Se encuentra situada en el Edificio de Bioinnovación que posee la UMA en el Parque Tecnológico de Andalucía, y su objetivo es dar respuesta y asesoramiento a los investigadores de la propia institución académica, centros de investigación básica y clínica, así como a la empresa privada, en las nuevas tecnologías de análisis de ADN y proteínas a gran escala. Está especialmente diseñada para hacer un número muy elevado de determinaciones en poco tiempo, lo cual es muy adecuado para una unidad que debe dar servicio a muchos laboratorios.

¿Qué servicios ofrece?

Dentro de los servicios ofertados, se incluye el análisis de novo de genomas completos, la identificación de todos los genes que se expresan en la célula en un momento determinado o en el estudio del conjunto de proteínas que se producen a partir de dichos genes, además de la identificación de los cambios en la secuencia de DNA de un organismo que son responsables de diferencias morfológicas y fenotípicas.

¿Cómo es su estructura?

La Plataforma está estructurada en cuatro laboratorios: el laboratorio de Proteómica dispone del analizador de proteínas MALDI-TOF-TOF 4700 (GE Healthcare), optimizado para la identificación de proteínas por huella peptídica y para el  estudio de modificaciones postraduccionales. Sus aplicaciones se centran en el campo de la Biomedicina. La implantación y puesta a punto de la Unidad de Proteómica ha sido planificada por la Dra. Francisca Sánchez Jiménez, catedrática de Biología Molecular y Bioquímica. Por su parte, la unidad de genómica se estructura en dos laboratorios:el laboratorio de ultrasecuenciación dispone de la tecnología GS-FLX 454 (Roche), ofreciendo un sistema de secuenciación de muy alto rendimiento, capaz de generar más de 500 millones de bases en 10 horas. Es un sistema adecuado para secuenciación de novo y re-secuenciación de genomas completos, entre otras prestaciones. El laboratorio de genómica dispone de equipamiento para la realización de micro y macroarrays para el análisis masivo de expresión génica, así como de un equipo robotizado Qpix II para la creación y/o manipulación de genotecas. Esta infraestructura científica es coordinada por el catedrático de Bioquímica y Biología Molecular, Dr. Francisco M. Cánovas e inicia su andadura en un proyecto de genómica de plantas leñosas. El laboratorio de Genotipado es coordinado directamente por mí. Está orientado fundamentalmente al desarrollo de estudios genéticos de diagnóstico en cáncer familiar, por lo que posee la tecnología necesaria para la identificación de mutaciones en muestras de DNA mediante la utilización de técnicas de alto rendimiento por dHPLC (Sistema WAVE, Transgenomic) o HRM (LC480 de Roche).

¿Podría describirnos la singularidad de esta Plataforma?

El hecho de que dentro del mismo edificio de Bioinnovación se encuentre situada la Plataforma Andaluza de Bioinformática (PAB) se puede considerar uno de los hechos distintivos de todo el sistema, ya que permite la integración del software de los distintos equipos con los supercomputadores a través de máquinas virtuales. De esta forma, los usuarios no tienen que estar físicamente en el edificio para ver cómo van sus experimentos o para analizar posteriormente los resultados. La PAB, además, proporciona a los investigadores de la comunidad científica la posibilidad de acceder a herramientas bioinformáticas «listas para usar», sin tener que preocuparse por la descarga, instalación y mantenimiento de los mismos, así como de los supercomputadores necesarios para generar los resultados que permitan realizar una investigación de excelencia. Esta integración informática está siendo coordinada por el profesor de Bioquímica y Biología Molecular Dr. M. Gonzalo Claros,