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Plataforma Andaluza de Bioinformática

Plataforma Andaluza de Bioinformática

La Plataforma Andaluza de Bioinformática (PAB) surge —gracias a financiación FEDER con colaboración del Ministerio de Ciencia e Innovación y la Junta de Andalucía— para proporcionar a los investigadores de la comunidad científica andaluza la posibilidad de acceder a herramientas bioinformáticas «listas para usar», sin tener que preocuparse por la descarga, instalación y mantenimiento de las mismas, así como de los supercomputadores necesarios para generar los resultados que permitan realizar una

Sector/es: Investigación.

Datos contacto de Plataforma Andaluza de Bioinformática

DirecciónSin municipio (Sin provincia) - España
Sitio web www.scbi.uma.es/pab

Descripción de Plataforma Andaluza de Bioinformática

Queremos ofrecer soluciones compatibles y universales en Bioinformática

¿Cómo se organiza y funciona esta plataforma, PAB?
Los recursos informáticos usados por la PAB están compartidos con el servicio de Supercomputación de la Universidad de Málaga, que además contiene uno de los nodos de la RES (Red Española de Supercomputación). Esto nos convierte en uno de los centros con más capacidad de cálculo de España.
Acceder a herramientas bioinformáticas «listas para usar» implica poder utilizarlas de la manera más simple posible e independientemente del sistema operativo del ordenador. Por eso se accede a los recursos de la PAB mediante la web: los interesados se conectan a nuestro portal (http://www.scbi.uma.es/pab) y, a través de él, se pueden identificar como usuarios y manejar una máquina virtual en su propio ordenador, además de subir y bajar sus documentos de forma sencilla e intuitiva. Para ser usuario de la PAB no hay más que solicitarlo a través de la web y justificar que se forma parte de un grupo de investigación con financiación, o bien de una empresa que hace I+D. En el caso de los usuarios de empresa, se les hace constar que nunca podrán utilizar los resultados obtenidos con la PAB con ánimo de lucro. Por gestiones legales, los usuarios de fuera de España no podrán utilizar los programas sujetos a licencia, pero sí todos los demás.


Los usuarios registrados pueden acceder todos los recursos disponibles en la PAB como si fuera un «autoservicio». A grandes rasgos, los recursos son la supercomputación y las herramientas instaladas para genómica y análisis de secuencias, para el análisis de micromatrices (microarrays), para simulación y modelización molecular, para proteómica y para biología de sistemas. Puesto que hay muchos programas sujetos a licencias estrictas, es necesario controlar su utilización mediante la autentificación de los usuarios. Pero la PAB también cuenta con otros programas de libre disposición para toda la comunidad científica nacional e internacional. Estos programas se pueden consultar en la propia web. La filosofía que subyace en todos estos programas es la de ejecutar algunas de las herramientas también desde la propia web, sin que sea completamente necesario identificarse como usuario de la PAB.

Háblenos de los programas que desarrolla la PAB…
Los programas públicos tienen básicamente dos procedencias:
1- Herramientas de acceso libre. En caso de que sólo se puedan ejecutar en línea de comandos, como en la PAB sabemos que muchos investigadores no utilizarían estos programas porque no trabajan a gusto frente a una terminal, hemos diseñado un generador de interfaces que permite lanzar estos comandos a través de una página web sencilla; pero además, ocultamos al usuario todo aquello que le puede distorsionar y le mostramos sólo lo que es estrictamente necesario que defina. Por ahora se han habilitado programas para el ensamblaje de secuencias que procedan de la nueva generación de secuenciadores (CAP3, CABOG y MIRA3).
2- Programas diseñados por los investigadores de la PAB. Los integrantes de la PAB también investigamos en el desarrollo o mejora de las herramientas bioinformáticas necesarias para los investigadores que así lo soliciten. Por ahora contamos con programas que permiten el preprocesamiento de las secuencias que se obtengan de cualquier tipo de proyecto de secuenciación (SeqTrim), identificación de regiones divergentes en los alineamientos (AlignMiner), localización de secuencias procedentes de clones que contienen genes completos (Full-Lengther), anotación de secuencias genómicas sin terminar (GeNote) y esperamos que en breve también podamos ofrecer análisis automáticos de micromatrices de dos colores y de Affymetrix.

¿Quiénes se hacen acopio de este “autoservicio” que nos comentaba?
La mayoría de los usuarios de la PAB proceden de Málaga y Córdoba, cuyas universidades formaron la Plataforma Andaluza de Genómica, Proteómica y Biocomputación, parte de la cual es la PAB. Pero también tenemos usuarios de otras universidades y centros del CSIC de Granada, Sevilla, Madrid, Salamanca, Las Palmas de Gran Canaria, Almería y Bilbao. Aunque muchos de los usuarios empleen la PAB como «autoservicio», también es significativo el número de investigadores que solicitan una colaboración científica para que seamos los miembros de la PAB quienes apliquemos, o les enseñemos a usar, las herramientas bioinformáticas a sus problemas.

¿Cuáles son los principales cometidos y competencias de la plataforma que coordina?
Las principales competencias de la PAB se encuentran en genómica y transcriptómica, y esperamos que pronto podamos incorporar grupos que dominen la modelización molecular, la proteómica y la biología de sistemas. Por eso los proyectos en los que hemos colaborado activamente se centran en la secuenciación de una conífera, el análisis transcripcional de distintos estreses sobre el metabolismo del nitrógeno en las plantas (tanto con micromatrices como con tecnologías de secuenciación de nueva generación), el análisis transcripcional de distintos tipos de interacción entre hospedador y patógeno utilizando cerdos como modelo, análisis transcripcionales del efecto de distintas hormonas sobre el desarrollo de Arabidopsis, reanotación de micromatrices, o genómica comparativa entre especies bacterianas estrechamente relacionadas. También se ha solicitado la colaboración de la PAB para otros proyectos de genómica y transcriptómica que se acaban de pedir o se van a pedir dentro de poco.

Para acometer todo ello su masa crítica y medios serán destacables ¿no?
Contamos con 2 profesores titulares, un profesor asociado, 2 técnicos contratados y un becario que trabaja a caballo entre la plataforma y el grupo de investigación que lo contrata.
Ahora, ya prevemos la ampliación con dos profesores más en las áreas de modelización molecular y biología de sistemas, así como cuatro becarios más en el futuro, pues seguiremos ampliando los RRHH de esta plataforma, mediante una dinámica de dedicación a tiempo parcial.
Además del uso que le dan los investigadores de la Universidad de Málaga, hay que destacar nuestras colaboraciones con la Universidad de Córdoba y la Estación Experimental de El Zaidín (Granada).
En cuanto a medios, el supercomputador se encuentra en el Edificio de Bioinnovación del Parque Tecnológico de Andalucía, con dotación de servicios de proteómica, genómica y nanotecnología.

Después de 3 años ¿cuáles han sido sus mayores logros?
La publicación de dos artículos de aplicaciones desarrolladas (SeqTrim y AlignMiner) y ahora, estamos a punto de publicar otros sobre GeNote, Full-Lengther y una base de datos.

En la actualidad y a corto plazo ¿en qué metas van a emplear sus esfuerzos?
En relación con las nuevas tecnologías genómicas y proteómicas, la Universidad de Málaga acaba de adquirir un secuenciador GS-FLX de Roche (tecnología 454 Titanium). Los resultados de secuenciación obtenidos por este aparato necesitan una fuerte componente bioinformática, además de un cluster computacional suficientemente potente. En este caso, lo novedoso es que la propia PAB será la encargada de preprocesar y analizar los resultados obtenidos con dicho aparato, tanto de cara a los usuarios de la propia Universidad de Málaga, como a los usuarios de otras universidades que así lo soliciten. Para ello se están desarrollando unos programas que complementan y mejoran los proporcionados por Roche.
Además, ampliaremos nuestra masa crítica para lograr más diversidad, queremos captar a más usuarios de Andalucía y fuera de ella, con la principal ventaja de ofrecer soluciones compatibles y universales, herramientas de bioinformática que utilice mucha gente y, por último, participaremos en más proyectos de investigación. No en vano, la universidad de Málaga está trabajando en un Campus de Excalencia Internacional.

 

La Formación, clave en la PAB

Otro de los objetivos de la PAB es dar formación a los usuarios en bioinformática. En ese sentido, desde 2007 se han organizado varios seminarios para mostrar cómo conectarse y trabajar con las herramientas de la PAB. También han organizado en 2008 un workshop de bioinformática al que se invitaron como ponentes a los mejores bioinformáticos españoles para cubrir los distintos aspectos de esta ciencia emergente. Este año 2010 se ha organizado el primer curso de análisis de micromatrices en el que los miembros de la PAB han enseñado a los asistentes cómo analizar experimentos de dos colores, de Affymetrix y series temporales gracias a las herramientas de la PAB. Ya están preparando otro sobre cómo analizar los resultados de ultrasecuenciación con las herramientas de la PAB.

Publicaciones prensa Plataforma Andaluza de Bioinformática

LA RAZÓN : Un diario español de información general, consolidado y riguroso. Fundado en 1998 por Luis María Anson y propiedad de Grupo Planeta.

Especial Bioecnología

30 de septiembre de 2010
Especial Bioecnología


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